生物技术
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AlphaFold 3学习笔记-input输入格式（1）
AlphaFold 3可以模拟由以下一种或多种生物分子类型组成的结构：蛋白质、DNA、RNA 生物学上常见的配体：ATP、ADP、AMP、GTP、GDP、FAD、NADP、NADPH、NDP、血红素、血红素 C、肉豆蔻酸、油酸、棕榈酸、柠檬…
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RSEM: rsem-calculate-expression – Estimate gene and isoform expression from RNA-Seq data
SYNOPSIS rsem-calculate-expression [options] upstream_read_file(s) reference_name sample_name rsem-calculate-expression …
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R：RNA-seq分析包合集
RNA-seq alevin-fry – [Rust] – Rapid, accurate and memory-frugal preprocessing of single-cell and single-nuc…
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线粒体动力学的分子机制-Molecular mechanisms of mitochondrial dynamics
线粒体不仅合成细胞功能所需的能量，还参与多种细胞途径，包括细胞凋亡、钙稳态、炎症和免疫。线粒体是经历裂变和融合循环的动态细胞器，这些碎片化和超融合网络之间的转变确保了线粒体功能，使其能够适应代谢变化或细胞应激。线粒体形态缺陷与多种疾病有关，…
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R包：EDASeq–RNA-Seq 的数据分析和标准化
Davide Risso 1Introduction In this document, we show how to conduct Exploratory Data Analysis (EDA) and normalization fo…
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iGenomes:Ready-To-Use Reference Sequences and Annotations (update-2024-08-15)
The iGenomes are a collection of reference sequences and annotation files for commonly analyzed organisms. The files hav…
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R:integrating and analysis single-cell datasets
Introduction In this notebook I will go over several integration techniques for single-cell -omics data. These technique…
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R package install ERROR: tidyverse-textshaping-ragg no-zero status
将程序包安装入‘/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4’ (因为‘lib’没有被指定) 还安装依赖关系‘textshaping’ 试开URL’https://cloud.r-project.org/s…
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Cellranger分析10X Genomics single-cell RNA-seq data单细胞原始数据
cellranger是处理从 10X Genomics 平台生成的单细胞 RNA-seq 数据的命令行工具。cellranger 由 10X Genomics 构建，专门用于处理从其平台生成的数据，然而有几种开源工具可以与 cellrang…
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tmux:Linux上的终端多开后台神器 安装使用 tmux-3.4.tar.gz
tmux（terminal multiplexer）是Linux上的终端复用神器。 To build and install tmux from a release tarball, use: ./configure && …
