生物技术
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在Ubuntu 18.04上编译bcl2fastq v2.20
与MiSeq使用MiSeq Reporter自动将二进制碱基调用（BCL）文件转换为FASTQ格式不同，NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统的输出需要用户开发的或第三方的数据分析工具，如bcl2fastq，来转换为FASTQ。除了…
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conda 安装R语言及其R
1.配置Conda镜像源 conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config –add chan…
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Cell Ranger – 6.1.2安装和使用
1.安装curl/wget curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expi…
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利用R读取h5ad文件
安装包 install.packages(“remotes”)remotes::install_github(“mojaveazure/seurat-disk”,force = TRUE) 加…
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R:使用clusterProfiler进行DAVID GO富集分析
require(DOSE) require(clusterProfiler) data(geneList) gene = names(geneList)[abs(geneList) > 2] david = enrichDAVID(g…
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R:使用GOplot对GO分析结果作图
安装 # Installation of the latest released version install.packages(‘GOplot’) # Installation of the latest development ver…
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R：UniProt.ws包转换Accession，ENSEMBL，ENSEMBL_PROTEIN等
UniProt.ws提供了一个通往UniProt网络服务的选择查询接口。UniProt.ws是与Bioconductor的Uniprot网络服务互动的基础包。 与AnnotationDb对象允许对许多其他注释包进行选择一样，UniProt.…
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Matrigel使用：包被成功判断与絮状物
涂有Matrigel的盘子或平板在室温（约21°C）下孵化1小时，或在4°C的冰箱中孵化一夜后即可使用。它们可以在4°C下储存达一周。孵化或储存在冰箱中时，应使用干净的保鲜膜（或同等的材料）覆盖以防止溢出。避免倾斜以防止Matrigel的表…
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从小鼠皮肤伤口分离巨噬细胞用于单细胞RNA测序
了解组织修复中的巨噬细胞异质性是一个重大挑战。在这里，我们描述了一个协议，它结合了从皮肤伤口中分离免疫细胞和随后基于流式细胞仪的伤口巨噬细胞分拣和单细胞RNA测序。我们使用原始Smart-seq2协议的修改版来提高速度和准确性。该协议对于分…
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CRISPR敲入同源臂的理想长度是多少？
基因敲除物（<2 kb）的同源臂的理想长度是多少？长的基因敲除物（>5 kb）的同源臂的理想长度是多少？ 在果蝇中，长度为0.5-2 kb的同源臂可以很容易地用于敲除。在蚊子中，0.5-1 kb的同源臂适用于敲除<2 kb…
