bio
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实验方法总结（2）：细胞生物学部分
1. 原代细胞分离与培养 1.1原代细胞分离 人或动物体内（或胚胎组织）由于多种细胞结合紧密，不利于各个细胞在体外培养中生长繁殖，必须将现有的组织块充分散开，使细胞解离出来。 悬浮细胞的分离方法 组织材料若来自血液、羊水、胸水或腹水的…
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实验方法总结（1）：基因操作工具
1、基因A（GeneA）的敲减载体构建 版本1：针对GeneA，在Sigma网站上搜索已验证过敲减效率的shRNA序列，合成后两端加上酶切位点，合成双链DNA oligo，成为含干扰序列的具对应粘性末端的shRNA表达框架。以EcorI和B…
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Python学习资源总结
前言 知乎：路人甲 微博：玩数据的路人甲 微信公众号：一个程序员的日常 在知乎分享已经有一年多了，之前一直有朋友说我的回答能整理成书籍了，一直偷懒没做，最近有空仔细整理了知乎上的回答和文章另外也添加了一些新的内容，完成了几本小…
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Cytoscape基因互作网络分析软件和教程
Cytoscape是一个开放源代码软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物途径， 并将这些网络与注释，基因表达谱和其他状态数据整合在一起 。 尽管Cytoscape最初是为生物学研究而设计的，但现在它已成为复杂网络分析和可视化的通用平台。…
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Short Time-series Expression Miner (STEM)高通量表达谱时辰变化分析
Short Time-series Expression Miner (STEM) 短时间序列表达挖掘器（STEM）是一个Java程序，用于聚类，比较和可视化来自微阵列实验（约8个时间点或更少）的短时间序列基因表达数据。STEM使研究人员能…
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R:计算data.frame数据row均值
R计算data.frame行row平均方法有2种 ：rowMeans()和apply() 创建data.frame,计算平均分Avg_score df1 = data.frame( Name = c(‘Pyyy’,&…
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IDT SciTools高级引物序列设计
网址： http://www.idtdna.com/pages/scitools 高级的Oligo、RNAi、CRISPR、Genotyping序列、qPCR引物设计和分析。 有一套完整的生物信息学工具，可以预测天然和化学修饰的核酸的特性…
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Amplicon 在对齐的DNA序列组上设计PCR引物
网址：http://amplicon.sourceforge.net/ 简介：用于聚合酶链反应（PCR）实验的寡核苷酸（引物）设计是成功获得所需PCR产物（扩增子）的重要阶段。PCR引物设计可通过软件来辅助，该软件可帮助用户评估寡核苷酸的特…
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AffyProbeMiner
网址：http://discover.nci.nih.gov/affyprobeminer/ 功能：研究并重新定义的Affymetrix芯片数据。 AffyProbeMiner是一种计算效率低的平台独立工具，使用了所有RefSeq成熟RNA…
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AMIC All MIcroarray Clusterings芯片聚类
网址：http://bioalgo.iit.cnr.it/amica 用于基因芯片基因表达数据的轻量级多方法聚类引擎。 具有 Euclidean distance、Pearson coefficient、City block distanc…
