概述：
此方法是利用脱硫生物素末端标记的 RNA 和链霉亲和素磁珠标记的来高效富集RNA 结合蛋白（RBP）。RNA-蛋白Pull-Down的原理是将RNA与链霉亲和素磁珠结合。之后在蛋白质-RNA结合缓冲液中平衡RNA结合的磁珠，再加入蛋白裂解液。随后添加适当的缓冲液、涡旋振荡，并在磁力架上分离，洗涤磁珠。最后样品可通过非变性的生物素洗脱缓冲液或SDS- PAGE上样缓冲液洗脱，用于下游分析。
目的：
寻找与RNA相互作用的蛋白质
步骤：
(1) RNA 结合到链霉亲和素磁珠
1) 加入 50 μl 链霉亲和素磁珠到 1.5ml 的 EP 管，将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
2) 加入 50 μl pH7.5 20mM Tris重悬磁珠；
3) 重复步骤 1，2；
4) 将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
5) 加入 50 μl 1×RNA Capture Buffer 重悬磁珠；
6) 加入 50 pmol RNA探针到磁珠中，混匀；
7) 室温孵育 30min；
(2) 蛋白结合到 RNA
1) 加入 50 μl 链霉亲和素磁珠到 1.5ml 的 EP 管，将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
2) 加入 50 μl pH7.5 20mM Tris 重悬磁珠；
3) 重复步骤 1，2；
4) 将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
5) 加入 100 μl1×Protein-RNA Binding Buffer 到磁珠，混匀；
6)准备 Protein-RNA Binding Reaction Master Mix；
7) 将 EP 管放入磁力架，吸去液体。加入 100 μl Master Mix，混匀；
8) 4℃孵育 60min；
(3) 洗脱 RNA-Binding protein
1) 将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
2) 加入 100 μl 1×wash buffer，混匀，将 EP 管放入磁力架，吸去液体；
3) 重复步骤 1，2；
4) 加入 50 μl Elution buffer，混匀，37℃孵育 30min；
5) 将 EP 管放入磁力架，收集液体，-20℃保存。
(4) Western-blot或质谱分析。
流程图：
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