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在Ubuntu 18.04上编译bcl2fastq v2.20
与MiSeq使用MiSeq Reporter自动将二进制碱基调用(BCL)文件转换为FASTQ格式不同,NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统的输出需要用户开发的或第三方的数据分析工具,如bcl2fastq,来转换为FASTQ。除了…
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Error in if (!x[[i]]$dims) { : argument is of length zero
LoadH5Seurat报错 Error in if (!x[[i]]$dims) { : argument is of length zero 解决: 添加 assays = “RNA” 或 array = …
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Installing the R-package “rgeos” on linux: geos-config not found or not executable
报错信息 > install.packages(“rgeos”) Installing package into ‘/home/jody/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is …
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conda 安装R语言及其R
1.配置Conda镜像源 conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config –add chan…
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Ubuntu更换阿里源后,提示GPG error缺少公钥
修改命令:sudo gedit /etc/apt/sources.list 阿里源 deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiver…
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Cell Ranger – 6.1.2安装和使用
1.安装curl/wget curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expi…
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利用R读取h5ad文件
安装包 install.packages(“remotes”)remotes::install_github(“mojaveazure/seurat-disk”,force = TRUE) 加…
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大麻素受体1拮抗剂genistein减轻了大麻引起的血管炎症
流行病学研究显示,大麻会增加心血管疾病(CVD)的风险;然而,对其机制所知甚少。大麻的精神活性成分Δ9-四氢大麻酚(Δ9-THC)与血管中的大麻素受体1(CB1/CNR1)结合,与心血管疾病有关。英国生物银行的一项分析发现,大麻是心血管疾病…
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R:使用clusterProfiler进行DAVID GO富集分析
require(DOSE) require(clusterProfiler) data(geneList) gene = names(geneList)[abs(geneList) > 2] david = enrichDAVID(g…
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R:使用GOplot对GO分析结果作图
安装 # Installation of the latest released version install.packages(‘GOplot’) # Installation of the latest development ver…