生物信息技术
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R:使用clusterProfiler进行DAVID GO富集分析
require(DOSE) require(clusterProfiler) data(geneList) gene = names(geneList)[abs(geneList) > 2] david = enrichDAVID(g…
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R:使用GOplot对GO分析结果作图
安装 # Installation of the latest released version install.packages(‘GOplot’) # Installation of the latest development ver…
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R:UniProt.ws包转换Accession,ENSEMBL,ENSEMBL_PROTEIN等
UniProt.ws提供了一个通往UniProt网络服务的选择查询接口。UniProt.ws是与Bioconductor的Uniprot网络服务互动的基础包。 与AnnotationDb对象允许对许多其他注释包进行选择一样,UniProt.…
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从小鼠皮肤伤口分离巨噬细胞用于单细胞RNA测序
了解组织修复中的巨噬细胞异质性是一个重大挑战。在这里,我们描述了一个协议,它结合了从皮肤伤口中分离免疫细胞和随后基于流式细胞仪的伤口巨噬细胞分拣和单细胞RNA测序。我们使用原始Smart-seq2协议的修改版来提高速度和准确性。该协议对于分…
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Smart-seq3 Protocol
• The current protocols is based on the TN5 from Nextera Xt kit. However Illumina TDE1, works as well. • For determini…
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R:计算数据框中每一行的标准偏差
RowSD = function(x) {sqrt(rowSums((x – rowMeans(x))^2)/(dim(x)[2] – 1))}
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GFP-GAN:人面部图像智能修复软件
GFP-GAN:利用生成性面部优先权实现现实世界的盲目面部修复;GFP-GAN: Towards Real-World Blind Face Restoration with Generative Facial PriorGFPGAN旨在开…
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头颈部CT影像数据集-Head-Neck-CT Dataset
“该集合包含来自魁北克四个不同机构的 298 名经组织学证实的头颈癌 (H&N) 患者的 FDG-PET/CT 和放射治疗计划 CT 成像数据 所有患者在 4 月之间进行了治疗前 FDG-PET/CT 扫描 2006 年和 2014…
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糖尿病视网膜病变数据集-Diabetic Retinopathy Database
DiaRetDB1 是一个公共数据库,用于评估和基准测试糖尿病视网膜病变检测算法。该数据库包含眼底数字图像和专家注释的几种著名糖尿病眼底病变(硬渗出液、软渗出液、微动脉瘤和出血)的基本事实。原始图像和原始地面实况均可用。除了数据,我们还提供…
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浸润性导管癌 (IDC) 组织学图像数据集
Invasive Ductal Carcinoma (IDC) Histology Image Dataset 浸润性导管癌 (IDC) 是所有乳腺癌中最常见的亚型。 为了给整个样本分配侵袭性等级,病理学家通常关注包含 IDC 的区域。 因…