生物信息技术
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R包:EDASeq–RNA-Seq 的数据分析和标准化
Davide Risso 1Introduction In this document, we show how to conduct Exploratory Data Analysis (EDA) and normalization fo…
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iGenomes:Ready-To-Use Reference Sequences and Annotations (update-2024-08-15)
The iGenomes are a collection of reference sequences and annotation files for commonly analyzed organisms. The files hav…
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R:integrating and analysis single-cell datasets
Introduction In this notebook I will go over several integration techniques for single-cell -omics data. These technique…
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R package install ERROR: tidyverse-textshaping-ragg no-zero status
将程序包安装入‘/home/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4’ (因为‘lib’没有被指定) 还安装依赖关系‘textshaping’ 试开URL’https://cloud.r-project.org/s…
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Cellranger分析10X Genomics single-cell RNA-seq data单细胞原始数据
cellranger是处理从 10X Genomics 平台生成的单细胞 RNA-seq 数据的命令行工具。cellranger 由 10X Genomics 构建,专门用于处理从其平台生成的数据,然而有几种开源工具可以与 cellrang…
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tmux:Linux上的终端多开后台神器 安装使用 tmux-3.4.tar.gz
tmux(terminal multiplexer)是Linux上的终端复用神器。 To build and install tmux from a release tarball, use: ./configure && …
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R: 使用公共数据库构建癌症预后模型
## If you need to download other cancers, simply replace TCGA-LIHC with the corresponding cancer abbreviation in the fir…
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常用R包安装命令
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) install.packages(“BiocManager”) BiocManager::install( c(“AnnoPr…
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R:circos.heatmap-绘制环形热图包
The circos.heatmap() function Circular heatmaps are pretty. With circlize package, it is possible to implement circular …
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安装Seurat-data包
SeuratData 是一种利用 R 的内部软件包和数据管理系统以 Seurat 对象形式分发数据集的机制。它为用户访问 Seurat 小节中使用的数据集提供了一种简便的方法。安装: 1.安装devtools: install.packag…