单细胞测序
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VISION：Functional Interpretation for scRNA-seq Data
Preliminaries If you have yet to install VISION, we recommend installing the package from …
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Developmental cell:整合单细胞蛋白质组学和转录组学的人类乳腺图谱-A human breast atlas integrating single-cell proteomics and transcriptomics
Published:May 25, 2022DOI:https://doi.org/10.1016/j.devcel.2022.05.003 The breast is a dyn…
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在Ubuntu 18.04上编译bcl2fastq v2.20
与MiSeq使用MiSeq Reporter自动将二进制碱基调用（BCL）文件转换为FASTQ格式不同，NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统的输出需要用户开发的或第三方的…
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conda 安装R语言及其R
1.配置Conda镜像源 conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkg…
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Cell Ranger – 6.1.2安装和使用
1.安装curl/wget curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz “https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-ex…
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从小鼠皮肤伤口分离巨噬细胞用于单细胞RNA测序
了解组织修复中的巨噬细胞异质性是一个重大挑战。在这里，我们描述了一个协议，它结合了从皮肤伤口中分离免疫细胞和随后基于流式细胞仪的伤口巨噬细胞分拣和单细胞RNA测序。我们使用原始Sm…
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Smart-seq3 Protocol
• The current protocols is based on the TN5 from Nextera Xt kit. However Illumina TDE1, wo…
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scvi-tools：单细胞组学分析python库
scvi-tools ( https://scvi-tools.org/ )，是一个用于单细胞组学数据概率建模的软件包，建立在 PyTorch 和 AnnData 之上。 该软件包…
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单细胞 RNA 测序方法的比较分析Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods
单细胞RNA测序（scRNA-seq）为解决生物和医学问题提供了新的可能性。然而，缺乏对各种scRNA-seq协议性能的系统比较。我们从583个小鼠胚胎干细胞生成数据，以评估六种s…
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空间转录组学分析包-Spatial transcriptomics Packages
Merfishtools – [Python] – MERFISHtools implement a Bayesian framework for accu…
