conda环境hla_la_env；python 3.8
安装hla-la；
conda install hla-la
下载graph数据
cd HLA-LA/graphs
wget http://www.well.ox.ac.uk/downloads/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz
tar -xvzf PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz
index graph数据
HLA-LA –action prepareGraph –PRG_graph_dir ~/miniconda3/envs/hla_la_env/opt/hla-la/graphs/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT
分析命令：
HLA-LA.pl \
–BAM $SAMPLE \
–graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT \
–sampleID 样品id \
–workingDir hla_result \
–maxThreads 16
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