Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。
Clustal软件有很多版本，下面列出了所有版本：
- Clustal：Des Higgins于1988年创建的用于多序列比对的原始软件，是基于从成对的氨基酸或核苷酸序列中得出的系统树。
- ClustalV：第二代Clustal软件于1992年发布，是对原始Clustal软件包的重写。它在最终比对中介绍了系统树重建，从现有比对创建比对的能力以及使用称为Neighbor join的方法从比对创建树的选项。
- ClustalW：1994年发布的第三代产品比以前的版本有了很大的改进。它以各种方式改进了渐进比对算法，包括允许在部分比对中分别根据相似性或差异对单个序列进行加权或加权。它还包括从命令行以批处理模式运行程序的功能。
- ClustalX：此版本于1997年发布，是第一个具有图形用户界面的版本。
- ClustalΩ（Omega）：当前的标准版本。
- Clustal2：ClustalW和ClustalX的更新版本，具有更高的准确性和效率
操作流程和方法：
载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果
软件仅支持FASTA格式，将各个比对序列按如下格式编入记事本文档：
>Seq1
GGGGCTTGTTCG…
>Seq2
cgtgactgggaaaaccct…
多个序列比对输出符号含义
| 符号 | 名称 | 意义 |
|---|---|---|
| * | asterisk | positions that have a single and fully conserved residue |
| : | colon | conservation between groups of strongly similar properties
with a score greater than .5 on the PAM 250 matrix |
| . | period | conservation between groups of weakly similar properties
with a score less than or equal to .5 on the PAM 250 matrix |
软件官方下载：http://www.clustal.org/download/current/
在线版本：http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
百度云链接: https://pan.baidu.com/s/1h0cEi0i2CxfjrMG1yenmkQ 提取码: kxc8
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