FunRich:功能丰富的分析工具

FunRich:功能丰富分析工具http://www.funrich.org/

FunRich 是一个独立的软件工具,主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析。此外,分析结果可以以维恩图、条形图、柱形图、饼图和圆环图的形式进行图形化描述。目前,FunRich 工具旨在处理各种基因/蛋白质数据集,而与生物体无关。用户不仅可以搜索默认的后台数据库,还可以加载自定义的数据库,进行功能丰富分析。  

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总体而言,FunRich 工具托管了三种不同的数据库选项,可以针对这些选项进行分析。在 FunRich 中,为用户提供了三种管理后端数据库的选项:

  1. 提供了一个仅限人类的数据库,并且在手稿和网站的常见问题解答部分中清楚地提供了组装细节;
  2. 用户可以自动从 UniProt 下载任何生物的数据库
  3. 用户可以建立自己的数据库并直接使用 FunRich 进行富集分析。因此,FunRich 允许完整的数据库定制,从而允许将该工具用作富集分析的骨架,而与使用的数据库无关。

FunRich 数据库选项目前支持以下类别的富集分析

  1. 生物过程
  2. 蜂窝组件
  3. 分子功能
  4. 蛋白质结构域
  5. 表达部位(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)
  6. 生物途径
  7. 转录因子
  8. 临床概要表型术语

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