SCI论文:基因和蛋白名称格式书写指南

在研究文章中,读者往往很难确定作者所指的是基因还是相应的蛋白质。当读者试图了解复杂分子系统的细节以及作者探究这些系统所使用的方法时,这可能会造成问题。为了减少同行审稿人和更多读者在阅读您发表的文章时可能产生的混淆,在整篇稿件中使用公认的基因和蛋白质符号格式约定非常重要。

一般格式和写作指南
在可能的情况下,为减少重复基因名称的增加,应始终使用标准的基因名称和符号,这些名称和符号可在特定生物的社区数据库中找到(例如,人类:www.genenames.org;大鼠:rgd.mcw.edu;小鼠:www.informatics.jax.org;斑马鱼:zfin.org;苍蝇:flybase.org;蠕虫:www.wormbase.org)。科学和医学期刊通常会特别要求使用标准的基因名称和符号。如果某个基因还没有被认可的名称或符号,可以向相关数据库或其专业协会提出新的名称或符号。

一般来说,基因的符号用斜体表示(如 IGF1),而蛋白质的符号则不用斜体表示(如 IGF1)。RNA 和互补 DNA (cDNA) 符号的格式通常与基因符号的格式相同。如果表格中将许多基因列在一起,通常由作者(或期刊)自行决定是否将其斜体化。全称写出的基因名称不使用斜体(如胰岛素样生长因子 1)。基因型名称应使用斜体,而表型名称不应使用斜体。有几种格式约定也取决于生物类型,下文将详细讨论。

虽然专家读者可能熟悉基因和蛋白质符号,但非专业读者可能并不确定所代表的特定基因或蛋白质。因此,好的做法是在首次使用时提供基因或蛋白质的全名,然后在括号中加上其符号(如亨廷汀基因 (HTT)),特别是如果您的文章要发表在读者群广泛的期刊上。

除了基因和蛋白质符号的格式外,还有一些方法可以通过在写作中谨慎选词来强调基因和蛋白质的区别。例如,明确说明您指的是基因还是蛋白质,尤其是在同时提到基因及其产物的句子中(如 “我们对 APOE 基因表达和 APOE 蛋白水平进行了量化 … … “)。此外,在提及基因时,可以选择性地使用 “表达 “一词,而在提及 RNA 或蛋白质时,可以选择性地使用 “水平 “一词。

生物体特定格式指南
虽然基因符号斜体化、蛋白质符号非斜体化的一般规则适用于任何类型的生物,但不同 生物在基因和蛋白质符号中字母数字字符的组成和大小写方面存在一些差异。

人类、非人灵长类动物、鸡和家养动物: 基因符号包含三至六个斜体字符,全部大写(如 AFP)。基因符号可以是字母和阿拉伯数字的组合(如 1、2、3),但必须以字母开头;一般不包含罗马数字(如 I、II、III)、希腊字母(如 α、β、γ)或标点符号。蛋白质符号与相应的基因符号相同,只是不使用斜体(如 AFP)。

小鼠和大鼠: 基因符号为斜体,只有第一个字母为大写(如 Gfap)。蛋白质符号不是斜体,所有字母均为大写(如 GFAP)。

鱼类:与一般规则不同,基因全名用斜体表示(如 brass)。基因符号也是斜体,所有字母均为小写(如 brs)。蛋白质符号不使用斜体,第一个字母为大写(如 Brs)。

苍蝇: 基因名称和符号以大写字母开头,条件是 (1) 基因是以蛋白质命名的,或 (2) 基因最初是以对野生型表型显性的突变表型命名的(如 Rpp30)。如果基因是因突变表型对野生型表型为隐性而首次命名(如 kis),则基因名称和符号以小写字母开头。基因符号为斜体。以基因命名的蛋白质符号以大写字母开头,但对于未以基因命名的蛋白质,没有公认的格式指南。蛋白质符号不使用斜体。

蠕虫: 基因符号为斜体,一般由三到四个字母、连字符和阿拉伯数字(如 abu-1)组成。蛋白质符号不使用斜体,所有字母均为大写(如 ABU-1)。

细菌: 基因符号通常由三个小写斜体字母组成,作为基因产物参与的过程或途径的缩写(如 rpo 基因编码 RNA 聚合酶)。为区分不同的等位基因,缩写后跟一个大写字母(如 rpoB 基因编码 RNA 聚合酶的 β 亚基)。蛋白质符号不使用斜体,第一个字母为大写(如 RpoB)。

期刊特定格式指南
尽管遵循这些一般指南可以提高科学写作的准确性并防止读者混淆,但重要的是要记住,不同期刊有时对遗传学术语(如基因、RNA、cDNA、蛋白质、基因型、表型、突变等位基因的指定)的格式有不同的规定。因此,在向期刊投稿之前,我们建议您检查稿件格式是否符合期刊的具体规定,期刊网站上的 “作者须知 “中可能会有相关规定。

更多规则:

The National Center for Biotechnology Style Guide:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Guidelines for human gene nomenclature:
https://www.genenames.org
Guidelines for nomenclature of genes, genetic markers, alleles, and mutations in mouse and rat:
https://www.informatics.jax.org
Genetic nomenclature for Drosophila melanogaster:
https://flybase.org
Genetic nomenclature for Caenorhabditis elegans:
https://www.wormbase.org

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