ACLAME -- A CLAssification of Mobile genetic Elements

网站：http://aclame.ulb.ac.be/

无论是在给定的基因组内（细胞内迁移）还是细菌细胞之间（细胞间迁移），原核移动遗传元件（MGE）都是动员基因的主要角色。传统上，MGE被分类为噬菌体，质粒或转座子。随着许多嵌合元素的鉴定，这种分类变得过时了，这些嵌合元素与不同家族的元素表现出强烈的相似性。
ACLAME数据库专用于从各种来源（噬菌体基因组，质粒，转座子和其他基因组岛）收集和分类MGE。与MGE相关的所有公共可用数据均被收集，整理，最终更正并存储在ACLAME数据库中。然后，可以通过ACLAME Web界面使此类信息可供科学界使用。
从收集到的MGE数据中，我们旨在在蛋白质，基因和更高水平上对MGE的功能模块进行全面分类。分类以半自动方式生成。目前，使用基于图论的马尔可夫聚类算法MCL（van Dongen，2000）自动对标注在完整噬菌体和质粒DNA序列上的蛋白质进行分类，以产生家族（见下文）。ACLAME系列定义为一组共享一个或多个功能的相似序列。已经建立了噬菌体蛋白，质粒蛋白和噬菌体+质粒蛋白家族，它们也可以通过ACLAME网络界面访问。
蛋白质家族的手动功能注释的连续过程正在进行，并且依赖于公共数据库中可用的信息。公共数据库中的信息收集是通过使用Blast，PSI-Blast（Altschul，1997年）和Hidden Markov模型（参见下文）进行相似性搜索进行的。注释过程对愿意参加数据库管理的专业志愿者开放。
功能注释依赖于功能定义的多个来源。只要术语适合注释，就会使用经典的基因本体论（GO）。然而，目前，GO更专注于在真核生物中发现的功能。我们正在实验室中开发一种致力于移动遗传元素的本体：MeGO。MeGO中会定期添加ACLAME中的MGE注释所需的新术语。每当需要不适合MeGO的术语时，都将它们添加到ACLAME数据库的专用部分中以立即可用。MeGO和ACLAME中的条款将定期提交给GeneOntology。
ACLAME开发的下一步将是基于ACLAME蛋白质家族定义功能模块。

ACLAME数据库专用于收集，分析和分类测序的流动遗传元件（MGE，特别是噬菌体和质粒）。
除了提供有关MGE内容的信息外，还可以在组织的各个级别使用分类。
在基因/蛋白质水平上，家族将预期具有相同功能的相似序列分组。
使用GeneOntology和专用于MGE的本地开发的本体MeGO，将四个或更多蛋白质的家族手动分配一个功能注释。
在基因组水平上，进化内聚模块将MGE之间共享的蛋白质家族集合进行分组。
在群一级，网络显示了MGE之间的网状进化关系。
为了增加噬菌体序列空间的覆盖范围，ACLAME版本0.4合并了从Prophinder数据库中选择的760个高质量预测的Proh噬菌体。
扩展了用于查询数据库的BLAST界面，并添加了许多用于深入分析结果的工具。

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