一般来说，当流式细胞仪检测到的信号暗淡/微弱或大部分停留在阴性对照（无荧光信号）时，说明样品固定和/或通透性不足。具体来说，如果您要寻找的细胞内蛋白质的表达水平是一个变量，您应该能看到一个明显的阳性峰/信号，并与阴性对照分开。如果您感兴趣的蛋白质的存在是一个变量，那么您需要在固定/透化过程中提供一个阳性对照，看看您的样本中表达的信号程度是否与阳性对照一致。但要注意的是，流式细胞仪显示微弱或无信号也可能是由于：（1）固定剂选择不当，影响了抗原的检测；（2）弱表达的靶标与微弱的荧光团配对不当；或（3）诱导信号的处理不够充分。由于固定渗透不充分，光散点图/显示可能会显示出改变的轮廓。
如果在采集前将样本保存在冰箱中，不适当的固定可能会导致样本降解。不理想的通透性会导致双相染色，通透的细胞染色程度高，而未通透的细胞染色程度低或为阴性。
有时你会看到较大的 FSC 的 “阴影 “或重复群体，尤其是在 LWB 中。有时还会看到 IC 标记的 “涂片”，表明染色不完全。其他指标：细胞形态变化、信号消失。固定液（甲醛）必须不含甲醇，以防止细胞渗透，然后才能在细胞固定过程中实现适当的交联。
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