主要有三个方面需要考虑。一是分离/纯化/分拣步骤中的方法、温度和缓冲液。如果细胞是从组织中分离出来的，最佳的时间、酶解和/或机械方法可能有助于更好地保持细胞活力。温度也很关键，因此在分离/纯化/分拣步骤中始终将细胞保持在 4°C 或冰上有助于提高细胞活力。另一个因素是分拣过程中细胞悬浮的缓冲液。我们发现，添加牛血清白蛋白或血清（0.5%-1%）有助于提高分拣后的细胞活力。同样的缓冲液也应预先添加到收集管中。否则，细胞会高速沉积在空的收集管上，这可能会严重影响细胞的存活率。
第二个方面是流动分拣机的类型和分拣时的设置。流体流速高，喷嘴直径小，可能会因剪切应力/鞘压高而降低细胞活力。一般来说，选择的喷嘴尺寸至少是细胞直径的五倍。否则，可能会造成液滴形成紊乱和液流不稳定，导致细胞沉积不当，并可能增加剪切力。此外，喷嘴尺寸越大，分拣机运行时的压力就越低。较大或较脆弱的细胞可能会受益于较低的流速和压力，以降低鞘压，保持健康。因此，需要根据细胞类型选择合适的仪器和设置。
第三个方面（可选）是分拣后的培养基类型和细胞密度。高浓度抗生素有助于消除污染，但并非所有细胞类型都能在高浓度抗生素培养基中存活。单个细胞应能形成漂亮的菌落，但某些细胞类型可能需要多个细胞才能形成菌落。
单细胞分拣后的细胞存活率在很大程度上取决于细胞类型和分拣前的细胞状态。因此，您应该优化细胞制备方案，以保持相关细胞的活力和健康。使用死细胞排除染料，确保您分选的是活细胞。
对细胞要温柔：使用低电压，即在液滴式分拣机中使用大尺寸喷嘴或使用微流体分拣设备，可提高细胞存活率。
有些细胞不喜欢单独生长；在这种情况下，将它们分拣到条件培养基中可能会有帮助。
如果在转染后分选单个细胞时细胞存活率很低或没有存活，可增加恢复时间，或尝试先分选成批细胞，再过几天才分选单个细胞。
将要分拣的样本保持低温，并将细胞分拣到低温的收集培养基中。我们在细胞首选的培养基中对细胞进行染色分拣，然后将细胞分拣到含有相同培养基的试管中。添加血清可提高细胞活力，但血清也可能激活细胞。我们将细胞分拣到无血清的 AIM V 培养基中。增加分拣收集管中培养基的体积，因为培养基会被分拣液滴中的鞘液稀释。
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