AffyProbeMiner

功能:研究并重新定义的Affymetrix芯片数据。
AffyProbeMiner
AffyProbeMiner
  • AffyProbeMiner是一种计算效率低的平台独立工具,使用了所有RefSeq成熟RNA蛋白编码转录本和GenBank中经过验证的完整编码序列,以(1)将各个探针重组为一致的探针组,以及(2)将探针组重新映射为正确的探针组。 mRNA转录物。
  • 各个探针被分组为“转录本一致的”探针组,因为它们与相同的mRNA转录本(一个或多个转录本)杂交,因此测量相同的一个或多个实体。
  • HG-U133A芯片上约65.6%的探针受到重新映射的影响。可在AffyProbeMiner网站上免费获得许多Affymetrix微阵列的预先计算的重组和重新映射探针集。
  • 或者,我们提供了一个Web服务,使用户能够对具有Affymetrix格式芯片定义文件(CDF)的任何类型的短寡核苷酸商业或定制阵列执行重新映射。
  • 使AffyProbeMiner与其他方法区分开来的重要功能是:处理拼接变体的灵活性,计算效率,可扩展性,可定制性和界面的用户友好性。

PubMed Link: AffyProbeMiner: a web resource for computing or retrieving accurately redefined Affymetrix probe sets

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