与MiSeq使用MiSeq Reporter自动将二进制碱基调用（BCL）文件转换为FASTQ格式不同，NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统的输出需要用户开发的或第三方的数据分析工具，如bcl2fastq，来转换为FASTQ。除了能将BCL文件转换为FASTQ外，bcl2fastq还能根据barcode (demultiplexing), trim adapters 和Unique Molecular Identifiers (UMIs)将测序数据分配给特定样本，并将UMI纳入FASTQ文件内的读数名称中。
illumina bcl2fastq v2.20安装包下载：https://support.illumina.com/downloads/bcl2fastq-conversion-software-v2-20.html
依赖包：
zlib
librt
libpthread
gcc 4.8.2 or later
boost 1.54
cmake 2.8.0
安装依赖包
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install zlibc
sudo apt-get install libc6 ## installs librt and libpthread
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++但剩下的两个（boost 1.54 和 cmake 2.8.0）的版本要求相当烦人。如果缺少任何一个依赖项，事实证明 bcl2fastq 会自动从 /bcl2fastq/redist 文件夹中的存档副本中安装缺少的依赖项。因此，谨慎的做法是，简单地清除当前安装的 boost 和 cmake 的版本，以使编译过程能够参考 bcl2fastq 自己的这些依赖项的副本。脚本如下：
sudo apt-get -y --purge remove libboost1.62-all-dev libboost1.62-dev ## the version I had at that time
sudo apt-get remove cmake编译安装：在bcl2fastq最上面的文件夹中使用以下命令配置、构建和安装该软件包。跳出bcl2fastq顶级目录。
./bcl2fastq/src/configure && make && sudo make install
报错：如果系统报错没有sys/stat.h，请执行以下操作。
sudo mkdir -p /usr/include/sys
sudo ln -s /usr/include/x86_64-linux-gnu/sys/stat.h /usr/include/sys/stat.h如若转载，请注明出处：https://www.ouq.net/%e5%9c%a8ubuntu-18-04%e4%b8%8a%e7%bc%96%e8%af%91bcl2fastq-v2-20.html
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