蛋白质结构解析精度指南(Å的范围与意义)

随着晶体的重复单元,即它的单元格,变得越来越大,越来越复杂,X射线晶体学所提供的原子级图片对于给定数量的观察反射来说就变得不那么清晰了(更加 “模糊”)。X射线晶体学的两个极限情况经常被辨别出来,即 “小分子 “和 “大分子 “晶体学。小分子晶体学通常涉及在其不对称单元中少于100个原子的晶体;这种晶体结构的分辨率通常很高,其原子可以被辨别为孤立的电子密度 “斑点”。相比之下,大分子晶体学往往涉及到单元格中的数万个原子。这样的晶体结构通常分辨率较低(更加 “模糊”);原子和化学键看起来像电子密度管,而不是孤立的原子。一般来说,小分子也比大分子更容易结晶;然而,事实证明,即使是有几十万个原子的病毒,X射线晶体学也是有可能的。

Resolution (Å) 意义
>4.0 Individual atomic coordinates meaningless. Secondary structure elements can be determined.单个原子坐标没有意义。二级结构元素可以被确定。
3.0 – 4.0 Fold possibly correct, but errors are very likely. Many sidechains placed with wrong rotamer.折叠可能是正确的,但错误是非常可能的。许多侧链放置在错误的旋转体上。
2.5 – 3.0 Fold likely correct except that some surface loops might be mismodelled. Several long, thin sidechains (lys, glu, gln, etc.) and small sidechains (ser, val, thr, etc.) likely to have wrong rotamers.折叠可能是正确的,除了一些表面的环可能是错误的模型。一些细长的侧链(lys, glu, gln等)和小侧链(ser, val, thr等)可能有错误的旋转体。
2.0 – 2.5 As 2.5 – 3.0, but number of sidechains in wrong rotamer is considerably less. Many small errors can normally be detected. Fold normally correct and number of errors in surface loops is small. Water molecules and small ligands become visible.如2.5 – 3.0,但错误的旋转体中侧链的数量要少得多。许多小的错误通常可以被发现。折叠通常是正确的,表面循环中的错误数量很少。水分子和小配体变得可见。
1.5 – 2.0 Few residues have wrong rotamer. Many small errors can normally be detected. Folds are rarely incorrect, even in surface loops.少数残基有错误的旋转体。许多小的错误通常可以被发现。褶皱很少不正确,甚至在表面环中也是如此。
0.5 – 1.5 In general, structures have almost no errors at this resolution. Individual atoms in a structure can be resolved. Rotamer libraries and geometry studies are made from these structures.一般来说,结构在这种分辨率下几乎没有错误。结构中的单个原子可以被解析。旋转体库和几何学研究是由这些结构组成的。

如若转载,请注明出处:https://www.ouq.net/%e8%9b%8b%e7%99%bd%e8%b4%a8%e7%bb%93%e6%9e%84%e8%a7%a3%e6%9e%90%e7%b2%be%e5%ba%a6%e6%8c%87%e5%8d%97a%e7%9a%84%e8%8c%83%e5%9b%b4%e4%b8%8e%e6%84%8f%e4%b9%89.html

(0)
打赏 微信打赏,为服务器增加50M流量 微信打赏,为服务器增加50M流量 支付宝打赏,为服务器增加50M流量 支付宝打赏,为服务器增加50M流量
上一篇 04/23/2022
下一篇 04/25/2022

相关推荐

  • MoKCa-肿瘤激酶突变数据库

    网站:http://strubiol.icr.ac.uk/extra/mokca/ 有关与癌症有关的蛋白激酶突变的表型后果的信息。 MoKCa数据库已开发用于在结构和功能上注释,并在可能的情况下预测与癌症有关的蛋白激酶突变的表型后果。来自肿…

    04/07/2020
    155
  • 多物种蛋白转录后修饰位点PTMs的在线预测数据库

    翻译后修饰(PTMs)是指一些蛋白质在生物合成后的氨基酸侧链修饰。有超过400种不同类型的PTMs影响着蛋白质功能的许多方面。这种修饰作为关键的分子调节机制发生,以调节各种细胞过程。这些过程对蛋白质的结构和功能有重大影响。PTMs的破坏会导…

    04/16/2022
    297
  • AlphaFold蛋白结构预测常见使用问题

    如何搜索数据库?  页面顶部的搜索栏接受基于蛋白质名称(例如游离脂肪酸受体 2)、基因名称(例如At1g58602)、UniProt 加入(例如Q5VSL9)或生物名称(例如大肠杆菌)的查询。目前不支持 BLAST / 基于序列的搜索,也不…

    蛋白预测 04/05/2022
    467
  • UCSF ChimeraX蛋白结构可视化

    UCSF ChimeraX(或简称 ChimeraX)是生物计算、可视化和信息学资源 (RBVI) 继 UCSF Chimera 之后的下一代分子可视化程序。 ChimeraX 可以免费下载,供学术、政府、非营利组织和个人使用。 商业用户,…

    04/05/2022
    289