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Short Time-series Expression Miner (STEM)高通量表达谱时辰变化分析

Short Time-series Expression Miner (STEM)

短时间序列表达挖掘器(STEM)是一个Java程序,用于聚类,比较和可视化来自微阵列实验(约8个时间点或更少)的短时间序列基因表达数据。STEM使研究人员能够识别重要的时间表达谱以及与这些谱相关的基因,并比较这些基因在多种条件下的行为。STEM与基因本体完全集成 (GO)数据库支持对具有相同时间表达模式的基因集进行GO类别基因富集分析。STEM还支持轻松确定和可视化属于给定GO类别或用户定义的基因集的基因的行为的能力,从而确定哪些时间表达谱富集了这些基因。(注意:虽然STEM主要设计用于分析短时间过程实验的数据,但它可用于分析任何小型实验的数据,这些实验自然可以按顺序进行排序,包括剂量响应实验。

软件运行界面:

main-2profile43-3maincellcycle-1profile9cellcycle-1

 

下载地址:http://www.sb.cs.cmu.edu/stem/stem.zip

版本1.3.12发行版6/23/2019
*更新了STEM以处理GO的更改,该更改导致一些下载
链接断开
*对GUI进行了些微调整,以删除在最近的Java版本中被切断的某些部分
*在手动批处理模式下澄清后,仍需要使用带显示器的计算机来运行

版本1.3.11发行版2016年12月26日
*修正了个人资料界面出现的问题
在不调整Mac窗口大小的情况下为空白

1.3.10版本2016年11月24日
*修复了运行批处理GO分析(包括“ -o选项”)时的错误
在某些情况下可能导致不产生任何输出。

版本1.3.9发行版2016年9月10日
*已更改STEM许可证,因此现在是GPL v3.0
* GO列表中的更新/添加/删除的条目和文件名是最新的 
*删除了为染色体查看器自动下载基因位置的信息
因为该站点以前不支持从该站点下载它
*修复了导致无法解析染色体查看器中“名称”字段的错误。
仅解析“ ID”和“ Alias”字段
*修正了执行GO分析时对配置文件进行排序时发生的一个难以理解的错误
和基于少数基因的分类谱 

版本1.3.8发行日期2012年2月24日
*通过单击磁盘图标并提供.svg扩展名,可以将主界面另存为svg
*已删除的默认交叉引用不再有效

版本1.3.7 2011年1月1日发布
*为GO表增加了倍数充实。这是观察到的基因数除以预期数。
*增加了对一批基因运行GO富集并输出到文本文件的功能。这可以通过
从命令行启动STEM时,标记-o GOoutfile.txt。所有基因集都应放在一个带有“#”标题的文件中
线表示基因组之间的断裂。GOoutfile.txt是将写入GO输出的文件。  
*可下载的GO批注的更新列表
*在注释文件中过滤未修改的注释(影响很小比例的注释)
*幕后代码重组

版本1.3.6发行版7/31/2009
*从基于ftp的家谱中更改注释下载
以http修复连接问题。

版本1.3.5发行版2009年7月11日
更新了GO和交叉引用列表。人体交叉引用文件不再
可自动下载。还根据GO类别指定位置文件
选择不再是界面的默认操作。所有变化
在stem \ ST.java中

1.3.4版本1/15/2009
源代码发布。幕后的代码重组。

版本1.3.3。2008年8月10日发行
*修复了在保存基因表时导致轮廓向量无法正确保存在标题中的错误。
*修复了导致某些物种的基因染色体位置无法正确下载的错误。
*从biomart_species.txt文件中删除了ipi和vega。

版本1.3.2发行5/5/2008
*修复了有时导致重复文件不在重复列表中的错误 
通过STEM界面从默认文件加载它们时的界面

版本1.3.1发行版3/31/2008
*更新了STEM,以便它可以解析最新的基因本体文件 
现在在某些类别之间具有调节关系。

1.3版本2/18/2008
1.添加了集成到STEM中的染色体查看器-有关更多信息,请参见手册 
细节
2.添加了保存设置并将其直接加载到STEM中的选项。
设置通过STEM界面上的磁盘图标保存,然后 
通过输入上的“加载已保存的设置”按钮将其加载到STEM中 
接口。
3.添加了在主输入上显示y轴刻度线的选项 
绘制基因时的界面。还添加了不显示
主体上的轮廓ID,模型轮廓,生产线或订购详细信息 
接口。
4.添加了从命令行批量运行STEM的选项
5.更正了有关“最小相关”过滤的STEM文档。 
重复之间的参数”,如果重复三个或以上, 
标准基于成对均值,而不是中位数
6.修复了阻止实时间隔重新出现的错误 
默认文件
6.卸下
“ -ms512M”选项,用于从cmd文件启动STEM

版本1.2.2b(2006年10月13日发行)
1.修复了显示p值非常接近0的错误 
(<〜10 ^ -300),但不完全是0。在Java 1.5中,它们显示为 
无穷大的负能量,在Java 1.4中 
显示为一个有力的长数字。

版本1.2.1b(2006年9月18日发行)
1.修复了以前可能导致STEM运行的内存泄漏 
在不重新启动Java的情况下多次执行时速度较慢

版本1.2.0b(2006年9月5日发行)
添加了几个可以在主界面上访问的界面选项 
界面窗口(另请参见http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/newoptions.html)。这些
选项允许:
1.所有未过滤的基因表达谱将显示在主 
接口
2.给定GO类别或基因集的基因表达谱 
显示在主界面上
3.主界面和详细资料窗口(群集)上的x轴 
k-均值的窗口)将根据实际采样率进行缩放, 
以前所有时间点只能均匀分布
4.细节轮廓窗口(用于 
k均值)固定为用户定义的参数,以前是唯一的 
选项将由STEM自动确定每个

版本1.1.3b(2006年8月13日发行)
1.在所有表中添加了按钮以复制表的内容
到剪贴板。也可以只将基因名称复制到剪贴板
用于基因表。
2.修复了GO类别基因表标题打印中的错误 
保存到文件时
3.添加回GO注释列表Glossina morsitans(Sanger 
GeneDB)。将铜绿假单胞菌PA01(PseduoCap)添加到GO列表中
注释来源。

版本1.1.2b(2006年4月26日发行)
1.修正了在计算预期计数中的小错误。如果一个基因可以匹配
排列过程中,多个配置文件同样好,通常仅 
如果没有筛选缺失数据的基因会发生,则预期 
数量略低于应有的数量。

版本1.1.1b(2006年4月25日发行) 
1. STEM现在具有新的默认基因过滤标准。新下
筛选标准称为“最大-最小”,如果 
最大值和最小值之间的差 
转换(记录归一化数据,归一化数据或否 
归一化/加0)小于“最小绝对值”的值 
表达式更改参数”。原始过滤标准,基于
从时间点0开始的绝对表达式更改现在称为 
“与0的差异”,可以在“更改应基于 
开启”选项。“最大-最小”过滤条件具有以下属性
那些将被过滤的基因集合对于改变序列是不变的 
时间点的顺序,“差异”下不一定如此 
从0'过滤条件开始。“最大-最小”过滤条件为
因此可以说是更合适的过滤标准
结合STEM的置换测试。
2. STEM现在在“高级选项”->“模型配置文件”下具有以下选项 
其置换测试不置换时间点0。置换测试为 
用于计算分配给配置文件的预期基因数量。  
以前并且仍然是STEM中的默认选项用于排列 
测试以基于所有时间的排列来计算预期计数 
点。通常,这是首选方法,因为它可以检测到
时间点0和下一个采样时间之间的重要变化 
点。但是对于某些实验设计,尤其是两个通道
以时间点0作为参考样本的实验,而不是 
置换时间点0也很有用。原因是不对称
在实验设计中将允许一个基因的时间点0值 
以较低方差已知任何变换之前的表达式值 
而不是其他时间点,这种差异会导致某些配置文件 
排列时间点0时更有可能是有意义的。 
排列时间点0,发现显着的轮廓显着 
独立于时间点之间的实验设计中的不对称性 
0和其他时间点。
3.修复了导致某些基因无法过滤的错误,该错误应该 
已经基于绝对表达式更改参数。这个错误
仅在允许基因缺失数据并选择对数时发生 
标准化或标准化数据,并且没有重复。只有具有
丢失的数据可能错误地滑过了过滤器,只有一个 
较小的百分比实际上可能会这样做。
4.在少数几个方面改进了解析默认文件的错误消息 
的地方。

版本1.1.0b(2006年3月20日发行)
1. STEM现在另外提供了k-means算法的实现 
仍是为短时间序列设计的默认STEM聚类方法 
基因表达数据发表在Bioinformatics / ISMB 2005论文中。
2.几乎可以精确地计算出极小的p值,以前是 
低于10 ^ -12的p值将返回0。
3.将Cow(EBI)添加到GO注释源列表中并删除 
Glossina morsitans(Sanger GeneDB)在GO上不再活动 
FTP站点
4.当表格窗口最大化时,现在将所有额外的窗口区域分配给 
桌子而不是按钮面板
5.比较两个数据集时,现在可以自动加载 
在“定义基因集”对话框中,另一组过滤的基因集 
通过将配置文件ID值设置为“ -1”并按“选择”来设置数据 
基因”。
6.将STEM的默认启动内存选项从-ms1024M更改为 
STEM命令文件中的-ms512M。
 
版本1.0.7b(2006年1月5日发行)
1.比较数据集时,还有显示基因和
GO表基于两个轮廓的交集处的基因集。
查询用户定义的基因集时,再次显示
基因和GO表基于在交叉点处的基因集
用户定义的基因集以及分配给配置文件或
配置文件群。这些选项在用户手册中进行了说明,并且
出现在1.04b版本发布之前的STEM中
无意间将其删除。
2.如果窗口包含分配给模型的基因图
调整轮廓大小,然后重新调整基因图
相应地。
3.如果“订单配置文件依据”窗口或“订单集群依据”
窗口已打开,但已最小化,请按
现在,主界面使窗口再次可见。以前在那里
在这种情况下按下按钮时无反应。
4.如果STEM无法将表的内容保存到文件,因为另一个
应用程序对该文件具有写锁定,然后是一个包含
错误信息现在弹出。以前错误消息只是打印出来的
到控制台窗口。

版本1.0.6b(2005年1月1日发行)
1.修复了导致无法在计算机上显示GO结果的错误 
默认为一种语言,该语言的数字在位置 
英文系统中有“。” (例如3,21而不是3.21)。
2.表中的所有数字现在都显示在英文系统下

2005年11月1日发行的1.0.5b版 
1.修复了在某些情况下可能导致STEM不能全部使用的错误 
可用的基因本体论(GO)注释。如果官方有基因符号
15个列注释文件中有一个小写字母,并且与 
数据文件中的基因符号,STEM错误地未使用注释。  
但是,此错误不会影响EBI交叉引用。这个错误也
不影响用户提供自己的两列基因注释 
文件。  
2.删除对已失效的GenBank(Compugen),基因索引的引用 
(TIGR)和UniProt(Compugen)注释源。更新对TIGR和
拟南芥的TAIR注释可以反映它们,现在已合并 
到一个文件中。

2005年10月25日发行的1.0.4b版 
1.修复了导致高级选项帮助信息窗口不正确的错误 
直到高级选项对话框窗口关闭为止。这个错误
仅在使用Java 1.5时出现,而在Java 1.4中不存在。 
2.对显着模型配置文件的配色方案稍作更改 
3.更改了STEM随附的样品比较数据文件

版本1.0.3b(2005年7月17日发行)
1.修改了基因本体文件的解析算法 
内部。该算法先前依赖于关于
该文件的格式为且为true,但未记录为 
将来一定是这样。这些更改目前没有
可见的效果。此外,更多有用的错误消息已添加到
如果解析基因本体文件有问题。

版本1.0.2b(2005年7月15日发行)
1.修正了解析基因本体中最后一个类别术语的错误 
文件。这导致空指针异常与
defaultsGuilleminSample.txt和最新版本中指定的设置 
本体,但是在先前版本的本体中并不引人注意。

2005年1月7日发布的1.0.1b版本
1.修正错误,现在可以保存GO类别的基因表 
对非时间序列数据进行GO富集分析时。

2005年6月24日发行的1.0.0b版

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