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R:gene symbol与id转换

利用R将gene symbol与id转换

安装所需包

if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

运行代码

library("org.Hs.eg.db") #加载人源包,鼠org.Mm.eg.db
rt=read.table("symbol.txt",sep="\t",check.names=F,header=T) #读取文件
genes=as.vector(rt[,1])
entrezIDs <- mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA) #找出基因对应的id
entrezIDs <- as.character(entrezIDs)
out=cbind(rt,entrezID=entrezIDs)
write.table(out,file="id.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F) #输出结果

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