R:使用clusterProfiler进行DAVID GO富集分析

require(DOSE)
require(clusterProfiler)
data(geneList)
gene = names(geneList)[abs(geneList) > 2]
david = enrichDAVID(gene = gene, idType=“ENTREZ_GENE_ID”,
listType=“Gene”, annotation=“KEGG_PATHWAY”)
barplot(david)
比较不同cluster基因的富集
data(gcSample)
x=compareCluster(gcSample, fun=“enrichDAVID”, annotation=“KEGG_PATHWAY”)
plot(x)

如若转载,请注明出处:https://www.ouq.net/r%e4%bd%bf%e7%94%a8clusterprofiler%e8%bf%9b%e8%a1%8cdavid-go%e5%af%8c%e9%9b%86%e5%88%86%e6%9e%90.html

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