Amplicon 在对齐的DNA序列组上设计PCR引物

简介:用于聚合酶链反应(PCR)实验的寡核苷酸(引物)设计是成功获得所需PCR产物(扩增子)的重要阶段。PCR引物设计可通过软件来辅助,该软件可帮助用户评估寡核苷酸的特征,这些特征决定了寡核苷酸之间的相互作用以及与溶液中靶标和非靶标DNA序列的相互作用。在溶液中可能存在多个靶序列的PCR引物的设计是一个难题。这种情况尚未得到广泛研究,很难用软件解决,特别是考虑到与错配的寡核苷酸和靶序列的Tm计算有关的知识令人惊讶地不足。

Amplicon是用于设计PCR引物的工具,其中相关DNA序列组可以对齐形式进行评估。这对于设计“组特异性” PCR引物组特别有用,该引物组可从靶群中产生扩增子,而从其他物种中不产生扩增子。扩增子主要是通过作为比对的可视化工具来协助组特异性PCR引物设计的,用户可以从中选择可能是组特异性引物结合位点的区域。其他PCR引物设计软件中不常见的其他有用功能是处理空位序列和比对DNA中的简并位点。特定于组的PCR引物组可用于检查环境DNA且需要确定样品中某些DNA序列的多样性或同一性的多种情况。等。(2004)。

扩增子可以导入由ClustalW或ClustalX产生的比对的DNA序列 (Thompson 等, 1997)。或MEGA(Kumar 等,1997)或Fasta格式的比对序列 。引物分析可以保存到文本文件中,以便在任何文本编辑器或文字处理器中进行编辑。在Amplicon中已更改的比对可以保存为Fasta, MEGA,.aln,PAUP (Swofford,2003年)或Phylip (Felsenstein,1993年)格式。

Amplicon 在对齐的DNA序列组上设计PCR引物

特点:

  • Amplicon的最重要应用是“组特异性” PCR引物组的设计,该组引物可扩增给定分类组中的DNA区域,而不会扩增其他分类组中的直系同源区域。
  • 除处理组特异性PCR外,Amplicon可用于开发物种特异性,等位基因特异性或任何x91normalx92 PCR引物组。
  • 扩增子可用于包括简并位点和缺口的序列。
  • Amplicon可作为脚本免费获得,可以在安装了Python 2.3的任何平台上运行。
  • 它也可以作为Windows可执行文件提供,可以免费下载。
  • PubMed Link: Amplicon –software for designing PCR primers on aligned DNA sequences

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