3D-footprint DNA结合蛋白数据库

3D foot是一个可提供蛋白质数据库中所有蛋白质-DNA复合物的结合特异性估计值的数据库。 Web界面允许用户:(i)通过关键字浏览DNA结合蛋白; (ii)查找可识别相似DNA基序的蛋白质,以及(iii)BLAST相似DNA结合蛋白,突出显示所得比对中的界面残基。剖析数据库中的每个复合体以绘制界面图和足迹徽标,并采用两种互补算法来表征结合特异性。为了显示每种蛋白质和其他相关蛋白质结合的变异位点的范围,报道了从文献摘要中提取的寡核苷酸序列。基准实验(包括与专家管理的数据库RegulonDB和TRANSFAC的比较)支持基于结构的特异性估计的质量。数据库的相关内容可以作为平面文件下载,也可以使用3D占用空间管道来分析用户输入的蛋白质坐标。

网址:http://floresta.eead.csic.es/3dfootprint/

 

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