多物种蛋白转录后修饰位点PTMs的在线预测数据库

翻译后修饰(PTMs)是指一些蛋白质在生物合成后的氨基酸侧链修饰。有超过400种不同类型的PTMs影响着蛋白质功能的许多方面。这种修饰作为关键的分子调节机制发生,以调节各种细胞过程。这些过程对蛋白质的结构和功能有重大影响。PTMs的破坏会导致重要生物过程的功能障碍,从而导致各种疾病。发现PTMs的高通量实验方法是非常费力和耗时的。因此,迫切需要计算方法和强大的工具来预测PTMs。目前有大量的PTMs数据,这些数据可以通过许多在线数据库公开获取。

多物种蛋白转录后修饰位点PTMs的在线预测数据库

PTM示意性的流程图,显示了预测器如何为PTM预测工作。(A) 数据收集和数据集创建。(B) 特征选择。(C) 创建训练和测试模型。(D) 评价模型的性能。

General statistics
简称Acronym 覆盖的物种数量  PTM类型数量 Number of PTMsa 数据和数据库的类型b URL网站
General database dbPTM More than 1000 organisms 130 S: ∼908 900
P: ∼557 700
Exp. and Pred.
Secondary
http://dbptm.mbc.nctu.edu.tw
BioGRID 71 organisms 6 S: ∼700 000
P: ∼419 400
Exp.
Primary
https://orcs.thebiogrid.org
Phosphosite Plus 26 organisms 7 S: ∼483 700
P: ∼20 200
Exp.
Primary
https://www.phosphosite.org
PTMCode v2 19 organisms 69 S: ∼316 500
P: ∼ 45 300
Exp.
Secondary
http://ptmcode.embl.de
qPTM Human 10 S: ∼296 900
P: ∼19 600
Exp.
Secondary
http://qptm.omicsbio.info/
PLMD 176 organisms 20 S: ∼285 700
P: ∼53 500
Exp.
Secondary
http://plmd.biocuckoo.org
CPLM 122 organisms 12 S: ∼189 900
P: ∼45 700
Exp.
Secondary
http://cplm.biocuckoo.org
YAAM Saccharomyces cerevisiae 19 S: ∼121 900
P: ∼680
Exp.
Secondary
http://yaam.ifc.unam.mx
HPRD Human 9 S: ∼ 93 700
P: ∼30 000
Exp.
Primary
http://www.hprd.org
PHOSIDA 9 organisms 3 S: ∼80 000
P: ∼28 700
Exp.
Secondary
http://www.phosida.com
PTM-SD 7 model organisms 21 S: ∼10 600
P: ∼842
Exp.
Secondary
http://www.dsimb.inserm.fr/dsimb_tools/PTM-SD
WERAM 8 organisms 2 S: ∼ 900
P: ∼584
Exp.
Secondary
http://weram.biocuckoo.org
Phosphorylation

磷酸化

EPSD68 organismsPhosphorylationS: ∼1 616 800
P: ∼209 300
Exp.
Secondary
http://epsd.biocuckoo.cn
PhosphoNETHumanPhosphorylationS: ∼950 000
P: ∼20 000
Exp. and Pred.
Secondary
http://www.phosphonet.ca
RegPhosHuman, mouse and ratPhosphorylationS: ∼111 700
P: ∼ 18 700
Exp. and Pred.
Secondary
http://140.138.144.141/∼RegPhos
Phospho.ELMMainly model organismsPhosphorylationS: ∼42 900
P: ∼8600
Exp.
Secondary
http://phospho.elm.eu.org
Phospho3DMainly model organismsPhosphorylationS: ∼42 500
P: ∼8700
Exp.
Secondary
http://www.phospho3d.org
dbPSP200 prokaryotic organismsPhosphorylationS: ∼19 300
P: ∼8600
Exp.
Secondary
http://dbpsp.biocuckoo.cn/indExp.php
pTestisMousePhosphorylationS: ∼17 800
P: ∼3900
Exp. and Pred.
Secondary
http://ptestis.biocuckoo.org
LymPHOSHumanPhosphorylationS: ∼15 500
P: ∼4900
Exp. and Pred.
Primary
https://www.lymphos.org
P3DB9 plant organismsPhosphorylationS: ∼14 600
P: ∼6400
Exp. and Pred.http://www.p3db.org
Glycosylation

糖基化

UniPepHumanN-glycosylationS: ∼52 400
P: ∼40 100
Exp. and Pred.http://www.unipep.org
GlycoFlyDrosophila melanogasterN-glycosylationS: ∼740
P: ∼477
Exp. and Pred.http://betenbaugh.jhu.edu/GlycoFly
GlycoFishZebrafishN-glycosylationS: ∼269
P: ∼169
Exp. and Pred.
Primary
http://betenbaugh.jhu.edu/GlycoFish
Ubiquitylation

泛素化

mUbiSiDa7 model organismsUbiquitylationS: ∼110 900
P: ∼ 35 400
Exp.
Secondary
http://reprod.njmu.edu.cn/mUbiSiDa
S-palmitoylation

棕榈酰化

SwissPalm17 organismsS-palmitoylationS: ∼1062
P: ∼664
Exp. and Pred.
Secondary
https://swisspalm.org
S-nitrosylation

亚硝化作用

dbSNO18 organismsS-nitrosylationS: ∼4200
P: ∼2200
Exp.
Secondary
http://dbSNO.mbc.nctu.edu.tw

aa:PTM位点和修饰蛋白的数量,分别缩写为S和P

b:Type of data’可以是实验性的和/或预测性的,分别简写为Exp.和Pred.。

‘Type of database’可以是主要的或次要的。如果一个数据库是其他一些数据库的整合,则被认为是二级数据库。

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