安装包
install.packages(“remotes”)
remotes::install_github(“mojaveazure/seurat-disk”,force = TRUE)
加载包
library(SeuratDisk)
library(patchwork)
library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)
转换
Convert(‘TS_Eye.h5ad’,”h5seurat”,
overwrite=TRUE,assay=”RNA”) #TS_Eye.h5ad为需要转换的文件
seurat_obj<-LoadH5Seurat(“TS_Eye.h5seurat”,verbose=T)
列重命名
colnames(seurat_obj@meta.data)[7]<-“nCount_RNA”
colnames(seurat_obj@meta.data)[8]<-“nFeature_RNA”
colnames(seurat_obj@meta.data)[9]<-“percent.mt”
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