利用R读取h5ad文件

安装包

install.packages(“remotes”)
remotes::install_github(“mojaveazure/seurat-disk”,force = TRUE)

加载包
library(SeuratDisk)
library(patchwork)
library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)

转换

Convert(‘TS_Eye.h5ad’,”h5seurat”,
overwrite=TRUE,assay=”RNA”) #TS_Eye.h5ad为需要转换的文件
seurat_obj<-LoadH5Seurat(“TS_Eye.h5seurat”,verbose=T)

列重命名

colnames(seurat_obj@meta.data)[7]<-“nCount_RNA”
colnames(seurat_obj@meta.data)[8]<-“nFeature_RNA”
colnames(seurat_obj@meta.data)[9]<-“percent.mt”

如若转载,请注明出处:https://www.ouq.net/%e5%88%a9%e7%94%a8r%e8%af%bb%e5%8f%96h5ad%e6%96%87%e4%bb%b6.html

(0)
打赏 微信打赏,为服务器增加100M流量 微信打赏,为服务器增加100M流量 支付宝打赏,为服务器增加100M流量 支付宝打赏,为服务器增加100M流量
上一篇 2022年5月1日 下午8:26
下一篇 2022年5月16日 下午9:32

相关推荐